隐清堂

其实对于做科研的人来说，用盗版软件是一个很不好的事情，因为自己本来就是在一个创造知识的过程，对各种学术欺诈、盗用是很痛恨地。但是自己却在用盗版软件，这本身就是一件很矛盾的事情。其实大部分商业软件是有很多开源／免费软件替代品的。

列举一下我平时常用到免费科研软件吧（我现在主要在做第一性原理计算，所软件都是围绕第一性原理相关计算和数据处理的）。

计算方面：

商业软件: VASP, CASTEP 等

免费软件：

espresso: http://www.quantum-espresso.org/

abinit: http://www.abinit.org/

sistea: http://www.icmab.es/siesta/

数据处理：

这个主要是画图，很多人都是使用盗版的 origin 等。其实我认为免费的 qtiplot  (http://soft.proindependent.com/qtiplot.html) 更好用。

晶体建模：

这个很多人用的也是盗版的 Materials Stuido 和 CrystalMaker .

开源／免费软件也有不少，但是好用的不是很多。这里我推荐两个比较好用的， XCrysden(http://www.xcrysden.org/) 和 VESTA(http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta.html)。

XCryden 和 pwscf , win2k 结合起来很好用，但是建模功能一般。如果要想代替 MS 的建模功能的话非 VESTA 莫属了，它基本上就是 Materials Stuido 和 CrystalMaker 的克隆，几乎所有功能都有，但是有一个缺点，就是没有 MS 的找晶体空间群的功能。不过这个也有解决方案，就是  isotropy (http://stokes.byu.edu/isotropy.html).

把 VESTA 和 isotropy 结合起来用就已经很完美了，虽然不如 MS 方便，但是现在可以和盗版软件说再见啦。:-)

文献管理：

其实我发有很多人很用人肉文献管理软件 , 嗯，有一个好用的文献管理软件还是很方便滴！但是有很多人使用盗版的 EndNote, 这是从来不用这个，其实有更好的免费的，开源的，跨平台的 Zotero ，为什么不用呢？

关于 Zotero（http://www.zotero.org/）的用法我就不多说了，上官方网站上去看一看就知道了，有一个入门的视频。我实在是喜欢它的文献全文索引功能，而且也可以方便的和 Word , OpenOffice, TeX等结合。:-D

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