使用免费/开源软件做科研

April 23, 2009

其实对于做科研的人来说,用盗版软件是一个很不好的事情,因为自己本来就是在一个创造知识的过程,对各种学术欺诈、盗用是很痛恨地。但是自己却在用盗版软件,这本身就是一件很矛盾的事情。其实大部分商业软件是有很多开源/免费软件替代品的。 列举一下我平时常用到免费科研软件吧(我现在主要在做第一性原理计算,所软件都是围绕第一性原理相关计算和数据处理的)。 计算方面: 商业软件: VASP, CASTEP 等 免费软件: espresso: http://www.quantum-espresso.org/ abinit: http://www.abinit.org/ sistea: http://www.icmab.es/siesta/ 数据处理: 这个主要是画图,很多人都是使用盗版的 origin 等。其实我认为免费的 qtiplot  (http://soft.proindependent.com/qtiplot.html) 更好用。 晶体建模: 这个很多人用的也是盗版的 Materials Stuido 和 CrystalMaker . 开源/免费软件也有不少,但是好用的不是很多。这里我推荐两个比较好用的, XCrysden(http://www.xcrysden.org/) 和 VESTA(http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta.html)。 XCryden 和 pwscf , win2k 结合起来很好用,但是建模功能一般。如果要想代替 MS 的建模功能的话非 VESTA 莫属了,它基本上就是 Materials Stuido 和 CrystalMaker 的克隆,几乎所有功能都有,但是有一个缺点,就是没有 MS 的找晶体空间群的功能。不过这个也有解决方案,就是  isotropy (http://stokes.byu.edu/isotropy.html). 把 VESTA 和 isotropy [...]

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感觉老板像爆发户-_-!

April 6, 2009

在我打算跟马导之前,就感觉马导挺年青有为的。但是也没感觉他有多牛,只是相对来说是一个比较好的选择。 但是自从我去年 8 月正式进组开始,组里开始出现了第一篇 PRL 以后,到现在为止才 7 个多月,就连着出了一共 3 篇 PRL, 1 篇 Nature 的通信作者文章。怎么看怎么像爆发户的感觉。 但仔细想想,为什么是自从我进组之后就出了这么多高水平文章呢?:-) 哇哈哈!

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免费 SSH 代理

April 5, 2009
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以下为转载 本文将提供一种一劳永逸的翻墙方式(ssh -D),实施之后,那道墙——对你来说——将从此透明。 本文面向的用户:使用Windows作为操作系统并且使用Firefox作为常用浏览器。 第一步:免费获取拥有SSH权限的帐号和密码。 默认的免费获取方式:将本文转载到你自己的博客上,将转载后的文章网址发送到。 转载方式:拷贝文章代码至博客后台HTML编辑器中,直接发布即可,文章标题自拟,可在前后文插入自己的评论。 经过人工审核,你将收到一封附有五个拥有SSH权限的帐号和密码的电子邮件,你可以将它们赠与你自己的读者。 更多获取方式将在今后陆续激活,请关注帐号配送中心:https://friendfeed.com/rooms/fuckgfw-for-free 第二步:配置MyEntunnel软件 下载并安装MyEntunnel,该软件全名为My Encrypted Tunnel。 一键下载:https://dl.getdropbox.com/u/873345/download/myentunnel.exe 按照上图将第一步收到的帐号信息填写到相应的地方后,点击按钮,再点击按钮。 第一次连接过程中会出现一个认证对话框,按照提示确认即可。以后的自动连接中将不再出现此认证对话框。 最后点击按钮,使对话框隐藏到系统任务栏中。 提示: 为MyEntunnel创建一个快捷方式,将其复制到系统的【启动】(C:\Documents and Settings\当前用户名(需要修改成你自己的)\「开始」菜单\程序\启动)文件夹中,今后开机便可自动启动软件,并自动连接服务器。 绿色代表连接成功且稳定;黄色代表正在连接或重新连接;红色代表连接失败。 第三步:配置Firefox浏览器 假设你正使用Firefox浏览器阅读本文。 一键安装:http://autoproxy.mozdev.org/latest.xpi 点击立即安装,安装后,重新启动Firefox。然后你会看到如下对话框,选择gfwlist (P.R.China)后,点击确定。 接着你会看到Firefox主界面右上角出现有一个“福”字图案,点击“福”。 点击“代理服务器——编辑代理服务器”。 随即出现如下画面,你会看到如GAppProxy、Tor和Your Freedom这样一系列代理服务器名称。 将GAppProxy一栏的参数修改为如下图所示。 修改完毕后,点击确定。至此配置已全部就绪。 获取更多帮助,请关注反馈中心:https://friendfeed.com/rooms/fuckgfw-feedback 第四步:支持fuckGFW 获取详情,请关注捐赠与推广中心:https://friendfeed.com/rooms/fuckgfw-donation-and-marketing 版权信息:您可以自由复制、传播、演绎本作品且无需署名、无需注明原始出处。

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